La commanderie des Hospitaliers de Saint Jean de Jérusalem (appelés plus tard Chevaliers de Malte) fut d'abord implantée en l'Auge, à la place du Petit-Saint-Jean, vers 1224. Vers 1259, elle fut installée à la Planche Supérieure, où furent construits la commanderie elle-même, l'hospice, l'église et le cimetière; l'église dédiée à saint Jean Baptiste fut consacrée en 1264 et devint un lieu de prière pour les chrétiens de la Planche et de la Neuveville, nouveaux quartiers qui se formaient peu à peu le long de la Sarine. La commanderie fut érigée en paroisse en l'an 1511 et séparée de la paroisse mère de Tavel. Les Chevaliers de Malte en furent les desservants jusqu'en 1825, date à laquelle le clergé séculier prit la relève.

L'église, telle que nous la voyons aujourd'hui, a été maintes fois transformée. Le chœur est la seule partie subsistante de la chapelle primitive. Au milieu du XIVe siècle, trois travées gothiques furent construites; celle de droite a conservé son aspect authentique. Dans la seconde moitié du XVe siècle, on ajouta environ les deux tiers de la nef actuelle. En 1885-1887, la nef fut à nouveau prolongée. Une nouvelle restauration intervint en 1906, suivie d'autres travaux, notamment, en 1951, de la création de la voûte à caissons en bois clair.

 L'église recèle plusieurs éléments architecturaux et picturaux remarquables ainsi que de magnifiques statues polychromes en bois.

Dans la nef, sur le mur sud se trouve une fresque de la Crucifixion, de 1500 environ. Sur le mur nord est accrochée une grande toile représentant l'Adoration des Mages, de Mattia Preti (milieu du XVIIe siècle). Le Chemin de Croix est de l'artiste fribourgeois Teddy Aeby (1968).

Entre le chœur et la nef, une galerie-baldaquin surélevée abrite les autels latéraux et l'accès au chœur; elle est couverte de trois voûtes d'ogives; la travée de droite, construite peu avant 1385, offre d'intéressants remplages ajourés; on peut y découvrir de petits motifs sculptés tels que les têtes de saint Jean-Baptiste et du Christ, des êtres fabuleux, le soleil, la lune, des rosaces, etc.

Au-dessus de l'autel néo-gothique de droite, apparaissent des vestiges de fresques illustrant le couronnement de la Vierge et la Crucifixion, datant de la fin du XIVe siècle. A proximité se trouve une petite chapelle latérale de la famille Vuippens-Wild, de 1580 environ.

Les bustes placés de chaque côté de la travée centrale sont ceux de sainte Agathe et de saint Sévère. Ce dernier, reconnaissable à la navette qu'il tient à la main, est le patron des tisserands. Son buste, sorti vers 1515 de l'atelier de Hans Roditzer, faisait partie du retable des tisserands qui formaient une importante corporation à Fribourg au XVIe siècle; ce retable était placé dans cette travée mais fut supprimé vers 1660.

Dans le chœur, des travaux de restauration effectués en 2015 ont permis de retrouver la couche picturale du XVIIIe, exécutée sous la direction du commandeur Claude-Antoine Duding.

Le remarquable plafond à caissons a également été restauré en 2015.

Sur le mur nord, un monument funéraire, œuvre de Hans Gieng,  représente, à mi-corps, Pierre d'Englisberg. Commandeur pendant plus de 40 ans, fondateur de la paroisse St-Jean, restaurateur de la commanderie, Pierre d'Englisberg (vers 1470 – 1545) fut l'un des plus importants commandeurs suisses de l'Ordre de Saint Jean entre la fin du Moyen-Age et la Renaissance. Il fut le plus important commanditaire d'œuvres d'art religieux fribourgeois de la première moitié du XVIe siècle.

Le maître-autel baroque, de 1712, est en stuc de diverses teintes. Les statues qui y sont posées, l'étaient auparavant sur un retable gothique, muni de volets peints par Hans Fries qui se trouvent au Kunstmuseum de Bâle. Ces statues ont été commandées par Pierre d'Englisberg; elles datent de 1514. Dans le registre central, une Vierge à l'Enfant sur un croissant de lune curieusement garni d'un profil humain est entourée de saint Jean Baptiste (portant son attribut: l'agneau) et de saint Jean l'Evangéliste; ces statues sont l'œuvre de Martin Gramp. Dans le registre supérieur, la scène du "nolli me tangere" (Jésus ressuscité apparaissant à Marie-Madeleine au matin de Pâques et lui disant: "ne me touche pas") est entourée des saints Laurent et Etienne; ces statues sont de Hans Roditzer.

Les deux bras-reliquaires placés au bas du retable sont dédiés aux deux saints Jean. Pierre d'Englisberg les a commandés en 1515, vraisemblablement en réaction à la suppression de ses droits sur la paroisse de Tavel au profit du Chapitre de l'église St-Nicolas pour lequel fut commandé en 1514 un reliquaire en argent, destiné à contenir un bras de saint Nicolas. Les bras reliquaires commandés par Pierre d'Englisberg sont  en bois doré et portent les armes, l'un (celui de saint Jean Baptiste reconnaissable à sa manche en poils de chameau) du commanditaire, l'autre (celui de saint Jean l'Evangéliste) celles de la commanderie. Ces bras-reliquaires ne contiennent pas de reliques johanniques, mais, selon les phylactères qui y sont intégrés, une relique de la table de la Cène pour l'un, du Saint-Sépulchre pour l'autre.

Placées au-dessus des portes de la sacristie, les bustes des saints Pierre et Paul sont également de Martin Gramp. Ils faisaient partie du retable gothique du maître-autel.¨

La chapelle de Sainte-Anne située derrière l'église était un ossuaire construit en 1514. Il s'y trouve notamment un monumental crucifix provenant du cimetière (où se dresse une copie), taillé dans un seul bloc de molasse par Hans Gieng vers 1530/40, sur commande de Pierre d'Englisberg. C'est également lui qui fit ériger les sept stations d'un chemin de croix entre le cimetière de l'église Saint-Jean et la chapelle de Bourguillon; il ne reste aucune vestige de ce chemin de croix qui imitait celui de Rhodes, lui-même fidèle aux mesures prises à Jérusalem.