Tant les modestes moyens financiers de la paroisse Saint-Jean que l'espace restreint à disposition n'ont pas permis, dans le passé, d'équiper l'église d'un orgue de grande qualité. La chronique dit qu'en 1888, l'effondrement d'une poutre de la voûte du plafond sur les orgues a nécessité des travaux considérables de rénovation. Le 28 avril 1915 est inauguré un orgue destiné à remplacer un petit instrument de 8 jeux. En 1952 un nouvel orgue à tuyaux est installé. Moins de quarante ans plus tard, cet orgue a des problèmes de fonctionnement causés par de trop importantes variations d'humidité et de température dues à l'installation d'un chauffage de l'église par soufflerie; cet orgue "expire" brusquement en pleine messe de minuit. Il est remplacé durant une vingtaine d'années par un orgue électrique. Durant cette période, le conseil de paroisse constitue petit à petit un fonds destiné à un nouvel orgue. La décision d'installer ce nouvel instrument est prise en 2011, lors du lancement de l'année Pierre d'Englisberg marquant le 500e anniversaire de l'érection de la paroisse Saint-Jean.

La conception et l'installation du nouvel orgue sont confiées à la manufacture Orgelbau Kuhn AG, à Männedorf. Une commission ad hoc accompagne l'élaboration du projet; le conseiller artistique en est le chanoine Georges Athanasiadès, de l'abbaye de Saint-Maurice (VS). M. Stanislas Rück, architecte à Fribourg, en fait aussi partie.

Le 23 juin 2013 le nouvel orgue est béni et inauguré. Cette date, qui  est celle de la fête patronale (saint Jean Baptiste), est symbolique pour cette inauguration puisque l'hymne grégorienne des vêpres de ce jour est à l'origine des notes de la gamme: "Ut queant laxis – resonare fibris – mira gestorum – famuli tuorum – solve pollutis – labii reatum – sancte Iohannes"; chacun des demi-vers du texte donne, à la suite, les notes de la gamme ascendante: ut, ré, mi, fa, sol, la si.

Les sommiers de l'orgue sont à coulisses, la traction est mécanique de même que le tirage des jeux. L'orgue comporte 17 jeux dont 12 réels, 4 transmissions, 1 extrait. Quelque 840 tuyaux composent l'orgue.

Grand-orgue (C - g3): Bourdon 16'. Montre 8'. Flûte à cheminée 8'. Prestant 4'. Doublette 2'. Fourniture 4f 2'.

Récit expressif (C - g3): Bourdon 8'. Flûte ouverte 4'. Nasard 2 2/3'. Flautino 2'. Tierce 1 3/5'. Quinte 1 1/3'. Trompette 8'. Tremblant.

Pédale (C - f1): Soubasse 16'. Flûte 8'. Bourdon 8'. Octave 4'.

L'instrument a une large variété sonore et une grande capacité d'adaptation en dépit de ses dimensions modestes.

Les teintes lumineuses du buffet s'inspirent des coloris du chœur et démarquent nettement l'instrument par rapport au plafond en bois de la nef. La tribune a été transformée et modernisée.